相輪塔
この塔は弘仁八年（八一七）、伝教大師最澄が全国六ヶ所に建てられたものの一つですが、後に大火で焼失しました。現在のものは享保十年（一七二五）、当寺第九十六世 智周法師が再建されたものです。
正面には、日光山輪王寺門跡 公覚一品親王の御筆で、南無妙法蓮華経の七文字が刻まれています。
塔の前で「護国済人 延寿安身」とお唱えし、三回半、右回りに回ってお参りするのが当地の習わしです。伝教大師最澄と大慈寺
銅製華鬘 二枚
華鬘（けまん）は仏教法具の一つで、本堂の円陣の長押、欄間などに掛ける飾り物です。金、銅、木版製のものが多く、まれに革製のものもあります。
この華鬘は団扇形の金銅製で、唐草式蓮華文様を透かし彫りにし、中央部に葵紋を付け、表裏両面の左右に梵字を付けています。江戸時代初期の工芸品として貴重な資料です。
銅製聖観音菩薩坐像
おだやかなお顔の坐像です。慈覚大師堂にお祀りされています。
手香炉
大慈寺の手香炉は、全国に例を見ないものです。この仏具が現存するのは大慈寺だけで、日光にも、比叡山にも伝えられていません。
香炉は香を焚くための器で、金、銀、銅、陶器製などがあり、仏の供養のために用いる仏具として、その用途や形状によって様々に分類されます。代表的なものとして、僧侶の持つ柄香炉、懐中用の袖香炉などがあります。
手香炉は密教の修行に使われたもので、慈覚大師が中国での修行中、衣の中に持ち、印を結ぶ手を温めたものと思われます。
慈覚大師堂
ご自刻の慈覚大師像に、毘沙門天、不動明王像を祀り、古い天台の信仰を伝えています。この形は全国に二体しかない、そのうちの一つです。
護摩祈願の道場であり、元旦から一月五日までの新春護摩密供御祈願も、このお堂でお勤めします。年中行事
大慈寺奥の院
小野寺七石の一つ、座禅石（黒岩山）と言われているところです。慈覚大師円仁の座禅修行の場でありました。
黒岩山頂には宝篋印塔がありますが、この開山塔は享保二十一年（一七三六）に建てられたものです。
小野寺稲荷大明神
古くより大慈寺の守護神としてお祀りしてまいりました。平成二十六年五月に本堂が再建されたのにあたり、大明神様も同様に、同年六月に祠を新たにしてお祀りすることとなりました。
大明神様は女神様でいらっしゃいます。お使いには白狐様がおいでになります。大慈寺の守護神であると同時に、お参りをされ信仰される方の御守護もなされます。とくに子授け、子供の身体安全、学業成就など子供に関するお願いにお力をお貸しくださいます。さらには一般の方の交通安全、火難除けにもお力をお貸しくださいます。
たいへん霊験あらたかな神様であられますが、不敬をとくに嫌われます。お参りの際は失礼のないようにお願いいたします。心を込めたご祈願、お供え物、そしてお礼参りと、すべてに落ち度のないようになさってください。そうすれば、必ずご利益をお授けくださいます。
お唱えの言葉 南無（なむ）小野寺稲荷（おのでらいなり）大明神（だいみょうじん）
開山堂
御開山である行基菩薩様をお祀りしてあります。天平九年の開創ですので、昭和六十二年に一千二百五十年を迎えました。
そのほか、境内で
慈覚大師の御霊水 円仁様が剃髪に使い、その水を諸堂に献上したという井戸です。清掃をいたしまして、水をくみ出せるようになりました。お召し上がりいただけます。
本堂 平成二十六年五月三日に再建いたしました。
本尊 薬師如来 行基菩薩の御作と伝わります。
小野小町の碑 小町と薬師如来が交わした歌が刻まれています。この故事にちなみ、願いを五・七・五・七・七に詠んで奉納する「和歌祈願」を承っています。小野小町
ライシャワー博士の碑 昭和三十九年に来山された博士がお寄せになった文章を記しています。ライシャワー博士と円仁